慶長5年の関ヶ原合戦後は、徳永法印寿昌（松木城主）が戦功により加増されて高須城主となり5万石余を領しました。しかし、その子昌重の時に領地没収となり幕府直轄領になりました。

寛永17年から小笠原土佐守貞信が転封により領知し、城や城下町の整備に力を注ぎましたが、元禄4年越前国勝山へ移封され、この地は再び幕府領とされたのです。
　
天和元年、徳川幕府御三家筆頭の尾張徳川家2代光友は、次男義行に信濃国で3万石を新知させて分家（支藩）とし、松平を名乗ることとしました。そして元禄13年、義行は領地のほとんどが山地であるので平地へ移りたいと願い出て、美濃国高須を中心とする1万5千石を信州領と引き換えにすることが認められました。残りの1万5千石は飛び地領として、明治維新まで信州竹佐代官所による支配が続けられました。